Numa aventura inesperada, Coralina se viu jogada num mundo lúdico e confuso após um evento misterioso. Este é o segundo capítulo da trama onírica da garota que fora levada ao Limbo, antes acompanhada por um corvo de cartola que garantia ser um espírito da Morte. Agora, Coralina se encontra ao lado de uma figura ainda mais curiosa, uma mulher de cabelos roxos que atende por “Cometa”, e carrega consigo o fardo de ser uma alquimista. Juntas, elas irão desbravar as terras do Purgatório, Limbo e também do próprio Inferno, numa nova jornada com um único objetivo: derrotar Flamel, o criador desse mundo fantástico. Em meio ao caos do desconhecido, Coralina e Cometa irão se encontrar, entender melhor suas próprias questões internas e aprender a conviver em um cenário fantasioso enquanto tentam voltar para casa.